A Haplogrupė yra pagrindinė ir pasižyminti didžiausia įvairove iš visų Y-chromosomų kilmės linijų. Grupė aptinkama beveik išimtinai Afrikos teritorijoje, dažniausiai Etiopijos ir Sudano medžiotojų-rinkėjų populiacijose.
B haplogrupė yra senovės protėvių kilmės linija, netolygiai paplitusi po Afrikos žemyną. Grupė paplitusi tarp pigmėjų, taip pat medžiotojų- rinkėjų populiacijų. Šiai haplogrupei priklauso kiek daugiau nei 2% afroamerikiečių.
C haplogrupė atsirado netrukus po pirmosios šiuolaikinių žmonių migracijos iš Afrikos. Šiandien grupė labiausiai paplitusi rytinėje Eurazijoje, Rytų ir Pietryčių Azijoje, taip pat ją galima aptikti tarp Vakarų Šiaurės Amerikos čiabuvių populiacijoje.
D haplogrupė susiformavo Azijoje, o jos atstovai migravo per Pietų Azijos pakrančių teritorijas ir galiausiai apsigyveno ne Amerikos žemynuose, bet Vidurio ir Rytų Azijoje. Ši haplogrupė išsiskiria savo geografine diferenciacija.
E haplogrupė yra viena iš seniausių žmonijos giminės medžio šakų. Ji atsirado prieš 55 000 metų Rytų Afrikos arba Azijos teritorijoje. Šiuo laikotarpiu vyko pačios pirmosios žmonių migracijos iš Afrikos. Ši haplogrupė šiandien yra labiausiai paplitusi Afrikoje, tačiau jos atšakų galima aptikti ir Europoje.
F haplogrupė yra senovinė ir plačiai paplitusi haplogrupė, kuriai šiandien priklauso daugiau nei 90% visų ne afrikiečių kilmės vyrų. F haplogrupė buvo viena pirmųjų šiuolaikinių žmonių haplogrupių, susiformavusių už Afrikos ribų.
G haplogrupė yra palyginti jauna, bet plačiai paplitusi, būdinga Senojo pasaulio Europos populiacijose, Viduriniuose Rytuose, Šiaurės Afrikoje, Centrinėje, Pietų ir Pietryčių Azijoje. Vienas pogrupis,- G2c – yra išskirtinis Aškenazės žydų genetinis žymuo.
H haplogrupė yra viena iš pagrindinių Indijos gyventojų genetinių žymų, ir manoma, kad būtent jos atstovai sukūrė pirmąsias dideles gyvenvietes maždaug prieš 30 000 metų. H haplogrupė taip pat paplitusi tarp romų tautybės žmonių arba čigonų.
I haplogrupei šiandien priklauso apie 20% Europos vyrų, ją sudaro keli pogrupiai, kildinami iš konkrečių Europos geografinių regionų.
J haplogrupė labai paplitusi Viduriniuose Rytuose ir Viduržemio jūros regione, įskaitant Šiaurės Afriką ir Pietų Europą. Kilmės linija skirstoma į pogrupius J1 ir J2, pastarieji yra siejami su Neolito archeologinėmis vietovėmis. K haplogrupė iš savo tėvynės pietvakarių Azijoje paplito visoje Eurazijoje. Šiandien kilmės linija vyrauja nuo Australijos ir Okeanijos iki Pietų Azijos, iš ten iki pietvakarių Azijos ir Šiaurės Afrikos.
L haplogrupė yra labiausiai paplitusi tam tikrų Indijos ir Pakistano populiacijų tarpe. rečiau kilmės liniją galima aptikti pietinėje Europos dalyje, Šiaurės Afrikos, Vidurio Rytų ir Centrinės Azijos teritorijose.
M haplogrupė yra kilusi iš K haplogrupės, esančios Eurazijos teritorijoje. M haplogrupė būdinga Pietryčių Azijos populiacijoms ir kai kurie mokslininkai sieja ją su ryžių auginimo ūkių plėtra šiame regione.
N haplogrupė susiformavo Pietryčių Azijoje ir , galimai, rytinėje Eurazijos dalyje. Ši haplogrupė yra pasiskirsčiusi šiek tiek netolygiai nuo Kinijos iki Šiaurės Rytų Europos ir siekia didžiausią koncentraciją tam tikrose Sibiro populiacijose.
O haplogrupė yra būdinga Rytų Azijai. Jos pogrupiai O1 ir O3 yra būdingi Kinijos populiacijoms, tuo tarpu O2 pogrupis yra pasiskirstęs netolygiai nuo Pietų iki Rytų Azijos.
P haplogrupė ir jos pagrindinės palikuonių grupės, Q ir R, aptinkamos daugelyje Vakarų Europos, Amerikos čiabuvių ir Vidurinės Azijos šalių teritorijų. Šiandien šių kilmės linijų palikuonių galima rasti visoje Eurazijoje ir Amerikos žemynuose.
Q haplogrupė yra paplitusi tarp Sibiro vietinių populiacijų. Maždaug prieš 15 000 metų ši linija pasklido po Naująjį pasaulį ir tapo labiausiai paplitusia patrilininės giminystės haplogrupe tarp vietinių Šiaurės ir Pietų Amerikos populiacijų.
R haplogrupė – tai pagrindinė Europoje aptinkama haplogrupė. R1a pogrupis atsiskyrė prieš 15 000 metų ledynmečio piko metu. Ji dažnai ir įvairiomis formomis aptinkama Šiaurės Indijoje ir Rytų Europoje. R1b pogrupis aptinkamas visoje Europoje. Šių laikų emigrantai iš Europos perkėlė šią haplogrupę į Amerikos žemynus ir Australiją.
S haplogrupė yra būdinga Papua Naujosios Gvinėjos aukštikalnėms. Tyrinėtojų manymu, ji galėjo kilti būtent šiose vietovėse. Genetikai tik neseniai išskyrė S haplogrupę iš jos protėvių monofileninės grupės – K haplogrupės.
T haplogrupė – tai reta haplogrupė, dažniausiai aptinkama Rytų Afrikoje ir Vakarų Azijoje. Ji taip pat sutinkama Viduržemio jūros vidurio ir vakarų regionuose.